La storia comincia sull'Isola del Destino, dove regnano perennemente il sole e il bel tempo. È abitata da alcuni personaggi già conosciuti, come Tidus, Wakka, e Selphie (tutti personaggi secondari che vengono dai respettivi Final Fantasy - qui hanno l’eta di ragazzini), ma anche da Sora, il protagonista della storia. Un ragazzino dotato di gran cuore, confida molto negli amici, specialmente in due personaggi primari; Kairi, ragazzina dalle origini incerte che, non si sa né come né perché, si ritrova sull'isola e Riku, ragazzino maturo ma freddo come il ghiaccio e rivale di Sora.
Un terribile incubo occupa i sogni di Sora: le ombre, conosciute come Heartless, tentano di farlo cadere in un baratro di oscurità, dal quale Sora riesce comunque a salvarsi. Una volta sveglio, Sora fa finta che non sia successo niente, e porta avanti il suo ambizioso progetto di lasciare l'Isola del Destino insieme agli amici Kairi e Riku, per conoscere insieme altre parti del mondo e per saziare la curiosità di scoprire le vere origini di Kairi. I loro sogni ben presto vengono infranti: una tempesta colpisce l'Isola e l'incubo di Sora si avvera. Gli Heartless vogliono catturare lui e il resto del l'isola, ma improvvisamente, gli viene in aiuto una spada-chiave chiamata KeyBlade, con la quale egli può liberarsi dei nemici Heartless. Anche se riesce a trovare aiuto nella spada, per i suoi amici e il suo mondo oramai era già troppo tardi, perché erano sprofondati nell'oscurità. Cosa altro poteva fare allora se non seguirli?
Una volta inghiottito dall'oscurità, Sora cade in un sonno profondo. Si risveglia nella Città di Mezzo, crocevia fra le porte che conducono ai vari mondi e luogo in cui tutti i superstiti degli attacchi oscuri ai mondi arrivano. Qui incontra i compagni d'avventura, ossia i primi personaggi Disney che si vedono nella storia, Pippo e Paperino. Qui incontra anche il fedele cane di Topolino, Pluto, ma egli possiede un ruolo minore in questa storia. Questi personaggi, malgrado abbiano un carattere identico agli originali personaggi Disney, hanno delle professioni diverse nel mondo di Kingdom Hearts. Pippo è il Capitano dei Cavalieri Reali ma possiede un cuore pacifico, e Paperino è un Mago che non sa controllare le emozioni, specialmente se si arrabbia. I tre sono stati mandati da Re Topolino in cerca del possessore del Keyblade. Leon, uno degli abitanti della Città di Mezzo, gli rivelerà che è proprio lui, Sora, il legittimo detentore del Keyblade, e che il suo compito è di chiudere le porte che collegano i vari mondi. Gli altri alleati di Sora in questo mondo sono altri personaggi Disney e Square-Enix come il Mago Merlino, Cip e Ciop, la Fata Smemorina, la ninja Yuffie, l’ingegnere Cid, la benevolente Aerith, il silenzioso ma saggio Leon e i nipotini di Paperino, Qui, Quo e Qua.
Alla guida di Sora, Pippo e Paperino, il giocatore deve viaggiare attraverso i mondi dove sono ambientate le storie dei vari cartoni animati Disney, e sfruttare il potere del Keyblade, che permette di chiudere le serrature delle porte per i cuori dei mondi, prima che gli Heartless possano avvelenarli per sempre. Dall'altro lato, vari malvagi Disney, che si sono coalizzati fra di loro (Malefica, Ade, Capitan Uncino, il Baubau, Jafar e Ursula), stanno cercando in tutti i modi di ostacolare la missione di Sora, attirati dal potere degli Heartless e dell'Oscurità. L'amico di Sora, Riku, si lascia influenzare dal Male e dalle lusinghe di Malefica, che gli confida che in Sora è racchiuso il cuore rubato di Kairi. Sora, inconsapevole di tutto questo, continua a cercare i suoi amici e a viaggiare di mondo in mondo sconfiggendo i vari avversari (come Jafar, Capitan Uncino, Ursula ecc.) che gli si parano contro.
Arrivato alla Fortezza Oscura, scopre il piano di Malefica: usare i cuori delle sette principesse (Biancaneve, Alice, Cenerentola, Jasmine, Belle, Aurora e Kairi) per aprire la serratura che conduce a Kingdom Hearts, il reame dove sono racchiusi i cuori provenienti da tutti i mondi. Sora riesce a sconfiggere Malefica anche dopo la sua trasformazione in drago dovuta all'intervento di Riku, ma quando si trova davanti alla serratura per Kingdom Hearts Riku, posseduto da una forza oscura, gli si para davanti e tenta di liberare il cuore di Kairi, fallendo. Dopo lo scontro Sora sacrifica il suo cuore per salvare l'amica colpendosi al petto col keyblade posseduto da Riku da quando è stato posseduto dall'oscurità, anche se questa azione lo fa diventare un Heartless (Shadow). Ma grazie all'affetto di Kairi, che gli dona il suo cuore rubato, Sora viene salvato e ritorna alla sua forma originaria. Sora si trova faccia a faccia con Ansem, un sovrano saggio che regnava sulla Fortezza Oscura e che era la causa della possessione di Riku. In realtà, manovrava il manipolo dei Antagonisti Disney per raggiungere il suo scopo principale: aprire la porta che conduce a Kingdom Hearts. Ansem aveva cominciato a studiare gli Heartless dopo aver osservato strani fenomeni che riguardavano lo spegnimento delle stelle. Analizzando gli Heartless, era stato conquistato dal potere dell'Oscurità ed in conseguenza divenne lui stesso un Heartless, addiritura il più potente degli Heartless. La sfida finale vedrà Sora battersi contro Ansem davanti alla porta di Kingdom Hearts, ai Confini del Mondo.
Sconfitto Ansem, Sora, Paperino e Pippo rimarranno nel mondo di Kingdom Hearts per aiutare a chiudere la porta. Riku e Topolino però sono costretti a rimanere dall'altra parte, dentro Kingdom Hearts. I due promettono a Sora che troveranno il modo di scampare da quel luogo e lo rincontreranno. Kairi viene riportata sull'Isola del Destino senza Sora, mentre lui, Pippo e Paperino si ritrovano su una lunga strada in campagna, dove cominciano a percorrere la via rincorrendo Pluto che reca in bocca una missiva del Re Topolino. Inoltre, mentre Pippo e Paperino dormono profondamente, Sora percorre una strada da solo e arriva al Castello dell'Oblio.

È trascorso un anno dagli eventi che hanno avuto luogo in Kingdom Hearts I : nella conclusione abbiamo visto Sora aggirarsi per un mondo sconosciuto, un prato deserto, in compagnia di Pippo e Paperino alla ricerca di Re Topolino e di Riku, rimasti oltre la porta della luce pur di riuscire a chiuderla dopo la sconfitta di Ansem. Nel secondo capitolo Sora, il protagonista, è inizialmente addormentato, privo di tutti i ricordi e memorie delle sue gesta passate (vedi Kingdom Hearts: Chain of Memories) e si presta alle nostre avventure Roxas, un nuovo personaggio la cui identità ci verrà svelata più oltre nel gioco. Questo ragazzo ha in realtà un profondo legame con Sora stesso e con l'Organizzazione XIII, intenzionata a conquistare Kingdom Hearts per tornare umani (i Nessuno come loro non hanno cuore), e all'interno delle cui file sembrano agitarsi trame e intrighi che sanno di tradimento. Roxas trascorre le vacanze estive con Hayner, Pence e Olette in un universo alternativo creato dal misterioso DiZ. Tuttavia, la sua estate viene interrotta quando conosce Axel e Naminé. Dopo non molto torniamo a giocare con Sora, che è molto cresciuto durante il sonno, così, con gli amici Pippo e Paperino, inizia una nuova avventura. Tutti i suoi amici si sono dimenticati e poi ricordati di lui, tranne Kairi, che non riesce a capire bene quale sia il suo rapporto con il ragazzo. Sora intanto continua la ricerca di Riku e del Re, dovendosi scontrare a volte con membri dell'Organizzazione. Kairi viene rapita da Axel, mentre Riku semina degli indizi affinché Sora riesca a trovarlo. Dopo la scoperta del rapimento dell'amica, il Custode del Keyblade combatte una battaglia contro mille Heartless, poi si mette alla sua ricerca. Raggiunge il mondo dei Nessuno grazie all'aiuto di Axel, dopo aver ritrovato Re Topolino, e qui riesce a ricongiungersi a Riku e Kairi; dopo la battaglia finale con Xemnas, i tre tornano nella loro isola.